El arquitecto concibió un plano de dos iglesias, una arriba de la otra, interconectando la de abajo o cripta, que está en el nivel de las iglesias anteriores, con la iglesia de arriba. La de abajo guarda las Grutas Sagradas y los restos de las iglesias bizantina y cruzada, lo cual simboliza un culto ininterrumpido y una tradición auténtica. El techo se abre en una claraboya con forma de estrella en el centro de la iglesia superior, siendo el acceso por una escalera. La iglesia superior es la Iglesia Parroquial Latina de Nazaret. El rasgo principal sería la gruta cubierta por la admirable cúpula. La cúpula de la Basílica es un lirio al revés (321 aleros y una M continuada de María).
Sobre todos los muros de la iglesia superior, así como en el atrio que rodea la iglesia, pinturas / esculturas / bajorrelieves representan los santuarios marianos del mundo, donados por comunidades cristianas de todo el mundo.
El medio de esta iglesia encierra el punto más sagrado de todos, la gruta, y aquí el techo de la iglesia de abajo está perforado por un óculo en forma de estrella situado exactamente bajo la cúpula de la iglesia superior. Las entradas a la iglesia son por el pórtico en el lado oeste, alineada con todo el edificio, y por el sur en dirección a la gruta. Las entradas de los costados en la fachada principal dan acceso a dos escaleras en espiral que conducen a la iglesia superior.
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El mosaico del ábside fue realizado por Salvatore Fiume (falleció en Milán el 3 de junio de 1997) y representa “la iglesia sagrada, católica y apostólica” (Triunfo de la iglesia).
La entrada a la iglesia superior por el oeste es por medio de dos escaleras en espiral. Está conectada también con la iglesia de abajo por medio de una escalera ancha en el lado sur. Sin embargo, la entrada principal verdadera es en el lado norte. Aquí, en el mismo nivel de la iglesia de arriba, hay una gran plaza elevada de 800 metros cuadrados. De allí se abren dos puertas a la iglesia mientras que, alineada con ellas, hay un pequeño santuario de ocho lados, que es el batisterio. La gran plaza elevada sirve una finalidad adicional: proteger los restos de las viviendas de la antigua Nazaret que fueron excavados en la tierra debajo.
